1是主角jack遇到空难来到了海底城rapture，其实空难是预先被人设计的，主角是改造人，当其他人说出would you kindly时他必须服从，就是这样他被操纵他的人利用结束了ryan的统治，当主角醒悟后化身为bigdaddy去击败了幕后的黑手，和小妹妹们一起回到陆地上，给了那些孩子们一个家。（正义结局） 2里的主角是bigdaddy的一种原型代号阿尔法。sofia是ryan后海底城的新领袖，她想把她女儿塑造成一个完美的个体。但是被争夺权力的人抢走并强制改造为和主角阿尔法一起的Littlesister（这是为什么游戏中一只有个女声管你叫father），后来Sofia把女儿抢回去了（2里的开头动画），但是女儿和主角还有精神联系，她希望主角能来拯救她和海底城的人们，她不赞成母亲的统治方式。也许，整个海底城一开始本身就是错误。结局是当主角和女儿逃生后，不得不死时，女儿抽取了他的adam（或者是血）和主角的精神合二为一。（正义结局）...
